Hei har ikke prøvd det du etterspør, men iflg wikipedia skal dette være mulig.
File systems: ZFS, UFS and ext2/ext3 are fully supported, NTFS read/write and FAT32 read/write supported.
Etter instalasjon av freenas får du legge til harddisker, bare husk og velge ikke formater.
Her er en grei gjennomgang til hvordan man legger til disker i freenas:
http://dailycupoftech.com/configuring-disks-in-freenas/